在一个大庄园里，有一个秘密的废弃的花园，连门都找不到。一个名叫玛丽的小女孩无意中从泥土里挖出花园的钥匙，并且找到了秘密花园隐藏的门。这个原本任性、暴戾的小女孩爱上了这个花园。她和佃户的儿子，小男孩迪肯一起重新在花园里栽花种草。迪肯是一个聪明活泼的男孩，能跟很多动物说话。后来，庄园主的儿子柯林也参与进来了，他是个多病、瘦弱、脾气暴躁的小家伙。他们在花园里嬉戏，看着各种花草从地底下长出来，就像被什么施了魔法一样。花园里长满了玫瑰、龙胆花、常春藤、番红花、木樨花、罂粟花、飞燕草，还有像铃铛一样的铃兰，各种动物：狐狸、松鼠、羊羔、乌鸦和红胸脯的知更鸟。一切都在阳光下茁壮成长，玛丽和柯林去掉了所有讨人厌的坏毛病，长成了漂亮的姑娘和健壮的小伙子。他们把这一切，都归功于大自然的魔法。