终于当上了“神龙大侠”的熊猫阿宝可谓过上了梦想中的日子，他和师傅以及盖世五侠——虎、鹤、螳螂、蛇和猴子——保卫着山谷中宁静的生活。但是，好时光不长，阿宝面临着一次新的、更加可怕的挑战，一个大恶人孔雀“Lord Shen”拥有了一件秘密、强悍的武器，他妄图毁灭功夫、征服中国！

此时，正是阿宝与盖世五侠穿越中国，正式迎接挑战的时候了，但是，阿宝将怎样对抗一个能“毁灭功夫”的武器？他必须回顾他的过去，并且揭开自己身世之谜，只有到那时，他才能释放体内的力量、从而获得胜利……